Từ giữa tháng 12 năm 2016, Đại sứ quán Nhật Bản đã ủy thác cho gần 30 công ty du lịch tại Hà Nội và TPHCM có được tiếp nhận hồ sơ xin cấp visa vào Nhật. Những công dân Việt Nam muốn nộp hồ sơ xin visa (nhiều loại visa khác nhau trừ hộ chiếu ngoại giao, công vụ) có thể nộp hồ sơ tại các công ty du lịch này thay vì đến trực tiếp đại sứ quán hay Tổng lãnh sự quán ở Thành phố Hồ Chí Minh. Tuy nhiên hãy lưu ý rằng các công ty được ủy thác chỉ có quyền thu giây tờ, nộp hồ sơ chứ không có quyền cấp visa.
Các công ty ủy thác có trụ sở ở Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh nhưng có chi nhánh khắp cả nước nên người nộp visa không nhất thiết phải đến 2 thành phố lớn này để nộp hồ sơ. Lệ phí bao gồm lệ phí cho việc xử lý hồ sơ của Đại sứ quán và lệ phí của công ty.
Thông tin chi tiết về xin visa du lịch Nhật Bản từ đại sứ quán Nhật
http://www.vn.emb-japan.go.jp/itpr_ja/Vn_Ryouji_XinVisa.html
Danh sách các đại lý ủy thác của Đại sứ quán Nhật có thể nộp hồ sơ xin visa du lịch
http://www.vn.emb-japan.go.jp/files/000211747.pdf